TUNA555 memulai perjalanan dari stasiun penelitian pesisir dengan sebuah kapal yang dilengkapi sonar dan perangkat pencatat laut. Tugas pertama bukan menangkap ikan, melainkan menemukan kelompok tuna melalui pantulan yang muncul pada layar. Pemain membandingkan kedalaman, kecepatan gerak, dan bentuk kawanan sebelum menurunkan alat penanda untuk merekam posisi ikan selama perjalanan.

Penelitian di Situs TUNA555 berkembang ketika kawanan meninggalkan perairan dangkal dan memasuki jalur samudra. Sensor kapal dapat mengambil data suhu, arah arus, serta kedalaman pada titik tertentu. Informasi tersebut kemudian ditempelkan pada peta riset sehingga pemain mulai melihat hubungan antara perubahan kondisi laut dan arah yang dipilih tuna ketika berpindah.

Setelah catatan semakin lengkap, pemain dapat membangun stasiun pelampung untuk menerima sinyal penanda tanpa terus mengikuti kawanan dengan kapal. Setiap kumpulan data baru menambahkan garis pada peta migrasi sampai terbentuk jaringan perjalanan lintas laut. Target 555 pengamatan akhirnya membuka ekspedisi samudra jauh untuk mencari lokasi tempat beberapa jalur tuna bertemu pada musim tertentu.